Часто наблюдаю такую ситуацию при аудите CRM, что используется только одна воронка. Как должно быть?  

Если используется одна воронка, то это один из двух вариантов. Либо система используется мало и есть только один процесс, который отражает воронку продаж. Либо сделана попытка уместить все варианты работы с клиентом в один процесс, что сильно ухудшает эффективность.

Как минимум имеет смысл создавать отдельные воронки для новых клиентов и для повторных клиентов, так как этапность работы с ними в подавляющем числе случае отличаются. Есть конечно варианты бизнесов, где количество повторных заказов пренебрежительно мало и в них нет смысла делать воронку повторных продаж. (Например, продажа свадебных платьев или производители крупногабаритной техники). Но, это скорее исключения чем правило.

Но, так же имеет смысл делать отдельные воронки для тех сегментов клиентов или партнеров, где процессы отличается. Например, процесс  для частников и для юр.лиц, для крупных и мелких, для строительных компаний и для других, может отличаться в случае доп.услуг к продаже товара (доставка, сборка, наладка и пр.) и тд.  

Необходимо внимательно посмотреть, как организован процесс работы. Если используется одна воронка — это сигнал к тому, что что-то не так спроектировано.